最常见的虾青素副作用是无害的天然色素变化，如皮肤或大便颜色带有轻微橙色等。无论是人类还是动物，即使是大剂量摄入，也没有发现虾青素有毒素影响。此外，其他不太常见的副作用还包括血压降低和荷尔蒙变化等。

虾青素被很多动物饲料作为添加剂使用，它也是蟹，虾，龙虾和鲑鱼类似红橙色的天然色素。虾青素作为动物饲料营养品使用是安全的做法，并且大多数人吃用虾青素喂养的海鲜不会出现任何不良反应。早在十几年前，美国食品和药物管理局就将虾青素列为人类可消费食品成分之一。

作为一种膳食营养品，虾青素经常被当做抗氧化剂使用以便于减少胆固醇。支持者建议用虾青素治疗腕管综合症，关节炎，肌肉损伤，胃肠不适和男性不育症等疾病。然而，应该注意的是，至今还没有足够科学依据支持这些理论，并且也无法证实这种营养品确实有这方面保健功效。

常见的虾青素副作用包括色素沉着增加，头发生长，荷尔蒙变化和血压降低等。有时会引起钙水平减少，性欲降低和男性乳房增大等问题，但很罕见。过敏反应也是有可能的，并且存在相当大的危险。对这种物质过敏的人应该避免用虾青素喂养的食物。

虾青素与其他药物相互作用也是值得注意的另一个问题。例如，降血压药的效力可能会因为摄入虾青素而增大，并容易导致血压戏剧性降低引起危险。激素治疗和避孕药也可以受这种营养品影响。此外，抗组胺药和哮喘药也可以与虾青素产生交互反应。由于负责从血液中清除药物的肝酶也会受影响，因此有导致血流中滞留药物增加的可能。

虾青素与其他保健品和中草药滋补品交互反应也是有可能的。例如，它与锯棕榈，黑升麻和其他药物一起摄入可能会影响荷尔蒙水平。其降低血压的副作用还会减少钙水平。此外，β-胡萝卜素和番茄红素等类胡萝卜素抗氧化剂和虾青素一起摄入还会减少吸收量，因此是不建议的做法。

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