第三方机构与各个主要银行之间又签订有关协议，使得第三方机构与银行可以进行某种形式的数据交换和相关信息确认。这样第三方机构就能实现在持卡人或消费者与各个银行，以及最终的收款人或者是商家之间建立一个支付的流程。

除了网上银行、电子信用卡等支付方式以外还有一种方式也可以相对降低网络支付的风险，那就是正在迅猛发展起来的利用第三方机构的支付模式及其支付流程，而这个第三方机构必须具有一定的诚信度。在实际的操作过程中这个第三方机构可以是发行信用卡的银行本身。在进行网络支付时，信用卡号以及密码的披露只在持卡人和银行之间转移，降低了应通过商家转移而导致的风险。

同样当第三方是除了银行以外的具有良好信誉和技术支持能力的某个机构时，支付也通过第三方在持卡人或者客户和银行之间进行。持卡人首先和第三方以替代银行帐号的某种电子数据的形式(例如邮件)传递帐户信息，避免了持卡人将银行信息直接透露给商家，另外也可以不必登录不同的网上银行界面，而取而代之的是每次登录时，都能看到相对熟悉和简单的第三方机构的界面。

一般的第三方支付平台，如财付通，提供了一个资金支付交易的处理业务。这个支付交易流程可以简单的规划为如下：

1、操作员通过浏览器发起支付请求;

2、签约的客户(指与第三方支付公司签约的商户、并且拥有自己的支付管理系统)系统响应支付请求，返回支付页面;

3、操作员根据支付页面要填写的数据，填写表单，提交这些数据。数据被提交到了第三方支付公司的支付网关系统中;

4、支付网关系统返回一个网银对接接口页面，让客户填写与订单相关联的支付数据(一般是银行卡相关的的卡号、密码等);

5、操作员填写完毕，提交所有订单数据(交易流水号)和银行卡数据到银联网银系统;

6、银联网银系统处理支付请求，将结果返回给支付网关;

7、支付网关将本次交易结果存根到自己的后台系统;

8、同时将支付结果通知给签约的客户系统;

9、最终的支付结果也将以网页形式返回到操作员的客户端浏览器中。

目前中国国内的第三方支付产品主要有PayPal(易趣公司产品)、支付宝(阿里巴巴旗下)、财付通(腾讯公司，腾讯拍拍)、傲付宝等。其中最用户数量最大的是PayPal和支付宝，前者主要在欧美国家流行，后者是马云阿里巴巴旗下产品，据称，截止2009年7月，支付宝用户超过2亿。